第23回 1947年

第24回 1948年

本届大会的起点改到了位于银座的读卖新闻社前，中央大学获得首个完全优胜。

第25回 1949年

日本体育专门学校（现:日本体育大学）首次参赛，报知新闻设立沿途的应援站为选手们加油，神奈川师范学校3区选手今井实在茅崎昏倒，成为首次退赛的案例。明治大学获得优胜，以总优胜数7次位列第一。

第26回 1950年

在1949年，日本进行了大学改制，有些学校的名字也有所变更，同时限定了1名学生最多只能参加4届比赛。中央大学拿下第二个完全优胜。

第27回 1951年

中央大学拿下10个区间中的9个区间赏。受驿传有害论的影响，庆应义塾大学决定不参加本届赛事，而后面的10年，因为有很多学生选择不参赛，导致庆应大学均未能出场比赛。

第28回 1952年

成蹊大学首次出场，早稻田大学时隔18年后再次拿下综合优胜，也成为战后首个获得8个优胜的冠军。

第29回 1953年

中央大学第4回获得综合优胜，NHK开始通过广播进行全国直播。

第30回 1954年

横浜市立大学首次参赛，大会首次达到15所学校出场。早稻田大学拿下第9个综合优胜。

第31回 1955年

东京学芸大学首次出场，从本次大会开始，比赛时间被固定在了每年的1月的2日和3日，2区和9区的接力点被定在了户塚。

第32回 1956年

在前一年11月的预选会上，总共有19所学校参加，在1947年设定的正赛上限15所学校的规则首次被用到，排名最低的4所学校落选。

第33回 1957年

国士馆大学首次参赛，本届大会开始了种子权制度，前10名的学校将不用参加预选会而直接进入次年的正赛。本届产生的种子学校为中大、日大、东教大、法大、日体大、早大、立大、专大、东洋大和东农大。

第34回 1958年

顺天堂大学在本届大会首次出场，并且成为种子权制度设立后第一所首次参赛就进入前10的学校。

第35回 1959年

在预选会上第5位是神奈川大学，第6位是埼玉大学，但因为有正赛上限15所学校的限制，所以只取前5名。但埼玉大学的成绩也跑进了60分钟，有种达到了BQ的感觉，因此被破格允许进入正赛。

第36回 1960年

中央大学在落后7分41秒的情况下逆转，综合成绩跑进11小时，获得两连胜。

第37回 1961年

防卫大学首次参赛。中央大学成为历史上第2所学校获得3连胜，总计第10次历史上最多。本届大会废止了5区和6区的陪跑制度。由于户塚交接处的位置有所变化，所以2区的距离变长了，从此被称为“花之2区”。3区和8区的路线变更为湘南海岸路线。

第38回 1962年

中央大学以完全优胜成为第2所4连胜的学校。国士馆大学首次获得种子权，而过去获得过9次冠军的强校早稻田大学居然没有进入前10，从而失去了种子权。

第39回 1963年

中央大学综合5连胜达成。

第40回 1964年

中央大学综合6连胜达成，成为首所也是唯一一所连续6年获胜的学校。由于本届大会是第40回，因此为了纪念特别招待关西立命馆大学和九州福冈大学。其中福冈大学2区的重松森雄力压关东各大学，以1小时13分52秒打破花之2区区间纪录。